La ópera fue el género que Mozart más quería por encima del resto, según consta en alguna de su correspondencia con su padre. Desde pequeño sintió gran inclinación por todo lo relativo al teatro en general, es decir, tanto el drama como la ópera en todas sus variantes. Es natural que así lo fuera, pues si un compositor del siglo XVIII quería triunfar y hacerse verdaderamente célebre, tenía que escribir ópera, y Mozart ciertamente tenía esta ambición.
La ópera, y en particular el modo en que usó la música, le permitió ahondar en lo más íntimo de la naturaleza humana, explorar pasiones, describir virtudes y revelar defectos.
Dominó tanto la ópera seria como la cómica, aunque comenzó con la seria, por ejemplo con ''La clemenza de Tito'' o ''Lucio Silla''. En cuanto a la ópera cómica da importancia para la caracterización de los personajes la anécdota amorosa que sus vivencias sociales. Destacaremos, por ejemplo, Don Giovanni. Su lenguaje literario es sencillo y la anécdota, independientemente de los simbolismos es clara y lineal, aun cuando los comportamientos de los personajes no siempre estén tan claros. Pero detrás de su aparente simplicidad formal, hay, por ejemplo, una notable complejidad en el tratamiento armónico, evidentemente sutil, y una gran profundidad en la caracterización de los personajes, que sólo aparentemente actúan de forma contradictoria.
Destacaremos Così fan tutte, estrenada en 1786 al igual que Don Giovanni, que es tal vez la ópera más peculiar del compositor de Salzburgo, con su profunda carga crítica y de amargura, y la abundancia de piezas de conjunto. Se trata de una obra bufa encargo una vez más del emperador, después del éxito de Las bodas de Figaro, con un argumento de disfraces y engaños que resulta más que increíble. Con libreto de Da Ponte, con el que realizó sus óperas más famosas, Mozart pone música a una historia trágica que llama a la resignación de los amantes.
Sobre Las bodas de Figaro, se trata de una continuación de los hechos que cuenta El barbero de Sevilla, según la historia de Beaumarchais. Las andanzas de Figaro, donde se mostraba la injusticia social y los privilegios de la aristocracia, no gustaban lógicamente nada al poder, por ello su empeño en prohibirla. José II, en un intento de dar una imagen de dirigente liberal e ilustrado dio la autorización, aunque lógicamente con un texto más suave, más alegre. Uno de los personajes principales de esta obra, el joven paje Cherubino, es para algunos historiadores de la música el joven Don Giovanni.
Sobre Don Giovanni, subtitulada dramma giocoso, que indica que no es ni completamente trágica ni cómica, trata sobre la leyenda de Don Juan. Originalmente los actores alternaban entre recitativo hablado y arias, pero en las producciones modernas se suele utilizar el recitativo secco compuesto por el mismo Mozart para subsituir el texto hablado.